Kościół św. Mikołaja ma odległą metrykę średniowieczną, gdyż jego początki sięgają przełomu XI i XII w. Pierwsza wzmianka o świątyni (wtedy jeszcze drewnianej) pochodzi jednak dopiero z 1298 r. W dokumencie z 1298 r. określa się kościół jako parafialny (do 1372 r. jedyny kościół parafialny w Zgorzelcu). W roku 1452 zapoczątkowano budowę murowanego kościoła. Na zakończenie prac budowlanych i konsekrację świątyni trzeba było czekać aż do 1520 r. W 1582 r. budowlę nakryto nowym dachem. W latach 1642 i 1717 świątynię trawiły pożary. W odbudowanym w latach 1717-1722 kościele do 1925 r. nie przeprowadzono żadnych poważniejszych zmian. Jedynie w 1786 r. dostawiono charakterystyczną sygnaturkę. Kościół od wieków pełni rolę kaplicy cmentarnej. W jego sąsiedztwie położony jest cmentarz, na którym spoczywają szczątki doczesne wielu zasłużonych mieszczan zgorzeleckich. To tutaj znajduje się grób głośnego mistyka Jakuba Boehme (l575-1624), astronoma i kartografa Bartłomieja Scultetusa (1540-1614), sekretarza Górnołużyckiego Towarzystwa Naukowego Karola Gottloba von Antona (1751-1818), znanego lekarza zgorzeleckiego Krystiana Augusta Struvego (1767-1807), a także Minny Herzlieb (1789-1865), przyjaciółki wielkiego Goethego, która w Zgorzelcu spędziła ostatni rok życia.
